Héroes Pokémon tiene como protagonistas a dos nuevas aves legendarias: Latios y Latias. En el filme participa la preevolución de Wobbuffet: Wynaut. Las mini película tendrá de nuevo como protagonistas a los hermanos Pichu, que participaron en "Pokémon 3: El hechizo de los Unown"

El argumento básicamente es el siguiente: La historia se desarrolla en una ciudad llamada Alto Mare, considerada la Capital Acuática del Mundo. Si la comparáramos con una ciudad del mundo real, seria muy similar a Venecia.

Los legendarios Latios y Latias son los encargados de proteger "The Droplet of Heart" o "La Lagrima del Corazón". Esta joya es la que mantiene el equilibrio climático en la región. Pero al parecer un nuevo dúo de miembros del Equipo Rocket, Zanna y Rion, se roban la valiosa gema y empieza una gran crisis.

Casualmente Misty, Brock, Ash y Pikachu estaban en el pueblo cuando el incidente ocurrió y como es de esperar, ellos deberán de ser los que venzan a los Rocket y devolver la joya a sus protectores, antes que la ciudad sea destruída.