Un área remota de la región de Johto con aguas claras como el cristal, montañas desconocidas... y un especial secreto. Mewtwo y sus compañeros clones finalmente encontraron un hogar donde pueden vivir y crecer, lejos de los ojos entrometidos y los ásperos prejuicios de los humanos.

En Pokémon: La Película Mewtwo borró de la memoria de todas las personas los rastros de su batalla con Mew, de los clones, y incluso de su propia existencia. Sin embargo alguien no olvidó estos acontecimientos: Giovanni, la fuerza malvada que estuvo detrás de la creación del Súper Pokémon.

Ahora el líder del Equipo Rocket ha descubierto la guarida de Mewtwo y de los clones. Pero no solamente él pudo encontrarla, sino que también lo hicieron Ash, Pikachu y sus amigos. Pronto Giovanni somete a Mewtwo a un agónico desafío: Deberá someterse a la autoridad del líder de los Rockets o ver como todos los clones serán sacrificados.

Una nueva y emocionante batalla está por comenzar, pero esta vez el destino de Mewtwo quedará en las manos de Ash, quién tendrá la misión de rescatar a los clones y al propio Mewtwo de la tiranía del Equipo Rocket.