Hace 40 años, una cazador especializado en capturar y vender Pokémon raros intentó atrapar a Celebi, un Pokémon con la habilidad de viajar a través del tiempo. Para escapar, Celebi usó sus pocas energías para transportarse al presente trayendo junta a él a Sammy, un un muchacho que intentó salvar a Celebi del cazador.

En el presente; Ash, Pikachu junto al resto del grupo encuentran a Sammy en el Bosque Encinar. Una vieja mujer -que conoció a Sammy cuando era joven- los ayuda a entender lo que está pasando. Sammy insiste en ayudar al herido Celebi, así como Ash y el resto del Grupo.

Sin embargo, ellos ahora se encuentran con un un cazador distinto del que Sammy y Celebi dejaron en el pasado. Este nuevo enemigo, proveniente del futuro, posee una Pokébola denominada "Bola Oscura", capaz de transformar a los Pokémon en criaturas malvadas, pero también muy poderosas.

Cuando Celebi es capturado por este nuevo cazador, el bosque entero se cierne ante una amenaza. ¿Podrán Ash y sus amigos, con la ayuda del Legendario Pokémon Suicune, salvar el día?.

Como en las demás películas también habrá una mini película con Pikachu como protagonista, la cual se titula "Pikachu´s Exciting Hide and Seek", donde Pikachu deberá ayudar nuevamente a los escurridizos hermanos Pichu.

Esta película se estrenó originalmente en los cines japoneses en en Julio de 2001. El título de la película es "Timeless Encounter". En América y en Europa, esta película llegó en Julio de 2002 con el nombre "Pokémon por Siempre"